Первоначально станция имела название Кивач по названию водопада, находящегося в 29 км от неё. В 1965 году станция была переименована, а в 1986 году произошло ее расширение, вследствие чего погрузка, выгрузка и маневровая работа были перенесены в Нигозеро, на вторую площадку станции «Кондопога».
Сегодня через железнодорожную станцию проходит 14 пар пассажирских и более 20 грузовых поездов ежесуточно. За шесть месяцев 2016 года погрузка на станции «Кондопога» составила более 408 тыс. тонн грузов.
Грузоотправителями станции является лидер отечественной бумажной индустрии ОАО «Кондопога» и ряд других производителей нерудных строительных материалов.
В настоящее время коллективом станции «Кондопога», а это около 60 человек, руководит молодой железнодорожник Александр Стасюк. Гордостью станции являются трудовые династии Ульяновых, Прудниковых, Мановых, Романовых, Турбановых, Ермаковых, которые и составляют костяк трудового коллектива.
пресс-служба РЖД